Strumenti ad ancia doppia, come la bombarda e la dulciana, esistevano già nel Medioevo, ma è solo nel XVII secolo che il fagotto odierno dà avvio alla sua brillante carriera: è proprio in questo periodo che inizia lo sviluppo di strumenti "dal registro grave" ad ancia doppia, inizialmente senza chiavi. Tuttavia, con il progressivo sviluppo del fagotto, lo strumento fu dotato di un numero sempre maggiore di chiavi.
Il sistema Heckel (sistema tedesco), tuttora in uso, fu sviluppato nel XIX secolo.
Forse il predecessore più insolito del fagotto è il rancket (o cervellato), noto anche come “sausage bassoon” per via dei suoi numerosi avvolgimenti in uno spazio molto ridotto.